Pada tahun 1907, berlaku pertikaian mengenai hak milik tokong, kerana Yap Ah Loy menderma tanah untuk membina tokong pada tahun 1873 tanpa bukti bertulis. Keluarga Yap masih menganggap Tokong Sin Sze Si Ya dan kawasan sekitarnya sebagai hak milik peribadi Yap Ah Loy. Perkara ini dibawa ke mahkamah. Mahkamah Selangor bersetuju dengan penghakiman Setiausaha Hal Ehwal Cina bahawa tapak Tokong Sin Sze Si Ya telah didermakan oleh Yap Ah Loy, dan mengarahkan penubuhan Lembaga Pemegang Amanah serta menggubal peraturan, iaitu buku dalam kotak kayu, untuk melantik 12 orang wakil sebagai ahlinya, iaitu 3 orang masing-masing dari kumpulan Fui Chiu dan Kantonis, serta seorang dari setiap kumpulan berikut: Dabu, Guang Xi, Hainan, Teo Chew, Hokkien dan Ka Ying. 

Ahli lembaga pemegang amanah penggal pertama dari kumpulan Kantonis ialah Chan Sow Lin, Cheong Yoke Choy dan Yap Thai Cheong; kumpulan Fui Chiu adalah Chin Choon, Yap Loong Hin dan Yap Loong Fong; Ong Chee Siew (Dabu); Lee Fong (Ka Ying); Chin Chin Lee (Teo Chew); Thong Tung (Guangxi); Low Leong Gan (Hokkien) dan Goh Piang Shin (Hainan).

Dalam almari kaca di merupakan surat anak-anak Yap Ah Loy, Yap Hon Chin dan Yap Loong Shin yang dihantar kepada Setiausaha Residen British melalui peguam mereka pada 9 September 1907 untuk memperjuangkan hak menguruskan Tokong Si Ya. Surat yang berikutan, pada 23 Oktober 1907, Chan Sow Lin dan pemimpin – pemimpin Cina yang lain yang dihantar kepada Setiausaha Residen British, meminta agar Lembaga Pemegang Amanah ditubuhkan untuk menguruskan Tokong Sin Sze Si Ya.

Pada tahun 1907, berlaku pertikaian mengenai hak milik tokong, kerana Yap Ah Loy menderma tanah untuk membina tokong pada tahun 1873 tanpa bukti bertulis. Keluarga Yap masih menganggap Tokong Sin Sze Si Ya dan kawasan sekitarnya sebagai hak milik peribadi Yap Ah Loy. Perkara ini dibawa ke mahkamah. Mahkamah Selangor bersetuju dengan penghakiman Setiausaha Hal Ehwal Cina bahawa tapak Tokong Sin Sze Si Ya telah didermakan oleh Yap Ah Loy, dan mengarahkan penubuhan Lembaga Pemegang Amanah serta menggubal peraturan, iaitu buku dalam kotak kayu, untuk melantik 12 orang wakil sebagai ahlinya, iaitu 3 orang masing-masing dari kumpulan Fui Chiu dan Kantonis, serta seorang dari setiap kumpulan berikut: Dabu, Guang Xi, Hainan, Teo Chew, Hokkien dan Ka Ying. 

Ahli lembaga pemegang amanah penggal pertama dari kumpulan Kantonis ialah Chan Sow Lin, Cheong Yoke Choy dan Yap Thai Cheong; kumpulan Fui Chiu adalah Chin Choon, Yap Loong Hin dan Yap Loong Fong; Ong Chee Siew (Dabu); Lee Fong (Ka Ying); Chin Chin Lee (Teo Chew); Thong Tung (Guangxi); Low Leong Gan (Hokkien) dan Goh Piang Shin (Hainan).

Dalam almari kaca di merupakan surat anak-anak Yap Ah Loy, Yap Hon Chin dan Yap Loong Shin yang dihantar kepada Setiausaha Residen British melalui peguam mereka pada 9 September 1907 untuk memperjuangkan hak menguruskan Tokong Si Ya. Surat yang berikutan, pada 23 Oktober 1907, Chan Sow Lin dan pemimpin – pemimpin Cina yang lain yang dihantar kepada Setiausaha Residen British, meminta agar Lembaga Pemegang Amanah ditubuhkan untuk menguruskan Tokong Sin Sze Si Ya.

Mengikut peraturan tambahan yang dinyatakan dalam Surat Ikatan Amanah, sebarang lebihan daripada pendapatan Tokong Sin Sze Si Ya di Kuala Lumpur mesti didermakan kepada sekolah Cina, hospital atau pertubuhan kebajikan. Sewa akan digunakan untuk membiayai perbelanjaan tokong, sementara hasil selebihnya akan digunakan untuk manfaat masyarakat.

Pada tahun – tahun awal, peraturan tambahan Surat Ikatan Amanah tersebut menyatakan bahawa Tokong Sin Sze Si Ya harus menderma kepada badan – badan amal setiap bulan, misalnya Hospital Tung Shin, Sekolah Menengah Confucian, Sekolah Perempuan Kuen Cheng, Hospital Bersalin Cina dan Tabung Bantuan Wanita Miskin. Selain badan amal, rumah orang tua dan rumah anak yatim, tokong tersebut juga menghulurkan bantuan kepada fakir miskin serta warga emas semasa perayaan.

Data di sini menunjukkan jumlah sumbangan amal dan pendidikan dari Tokong Sin Sze Si Ya pada tahun 2022, yang mencapai RM 868,140.

Pada zaman awal penubuhan Tokong Sin Sze Si Ya, perarakan diadakan setiap tujuh tahun untuk memberi keberkatan kepada penganutnya. Pada hari perarakan, aktiviti perniagaan di seluruh Kuala Lumpur dihentikan selama satu hari, perantara roh yang duduk di atas kerusi sedan akan dibawa dalam perarakan. Kawasan yang dilalui oleh dewa Sin Sze Si Ya adalah di bawah perlindungannya. Penganut akan berdoa untuk keamanan dan menunjukkan rasa penghargaan atas anugerah dewa di sepanjang laluan perarakan.

Sebagai tokong Cina pertama di Kuala Lumpur, penubuhannya berkait rapat dengan sejarah perintis masyarakat Cina dan Kapitan Cina, lalu mengukuhkan kepercayaan Sin Sze Si Ya di kawasan setempat. Pada tahun 1963, perarakan tokong diarahkan berhenti, maka para penganut meraikan sambutan tersebut dalam kawasan tokong dengan menjemput perantara roh dan penyanyi untuk menghiburkan penonton.

Dewa Sin Sze Si Ya telah menjadi pelindung Kuala Lumpur dan juga menyaksi pembangunan bandar ini.

Di atas rak dipaparkan surat khabar lama Nanyang Siang Pau dan The Straits Times berkaitan dengan perarakan Sin Sze Si Ya pada tahun 1951, 1960, dan 1961, sementara di sebelahnya, dalam rak kaca, dipaparkan surat yang mengenai perarakan Sin Sze Si Ya 1900 yang berlangsung selama sepuluh hari yang berbelanja kira-kira $ 40,000 (Straits Dollar), kegemilangan tersebut boleh dibayangkan.